Σχετικά σύντομη είναι η προϊστορία των αναμετρήσεων Εθνικού - Παναιτωλικού. Χαρακτηριστικό πάντως είναι ότι έχουμε βρεθεί αντίπαλοι και στις τρεις επαγγελματικές κατηγορίες. Ας δούμε αναλυτικά τι έχει συμβεί στο παρελθόν:

Βλέπουμε ότι σε σύνολο 7 αναμετρήσεων ο Εθνικός έχει να παρουσιάσει 5 νίκες και 2 ισοπαλίες. Σύνολο τερμάτων 15-5. 'Αξιο αναφοράς το γεγονός ότι το παιχνίδι με τον Παναιτωλικό για το πρωτάθλημα της Β' Εθνικής την περίοδο 1999-2000 ήταν και το τελευταίο που έδωσε ο Εθνικός ως γηπεδούχος στο στάδιο Καραϊσκάκη, αφού αμέσως μετά το γήπεδο έκλεισε, κατεδαφίστηκε και ανακατασκευάστηκε για την Ολυμπιάδα του 2004.

Το τελευταίο τέρμα στο στάδιο Καραϊσκάκη με την παλιά μορφή του πέτυχε ο Βλάντιτσα Πέτροβιτς στο 72' του αγώνα, ισοφαρίζοντας για τον Εθνικό. (Ο ίδιος παίκτης είχε πετύχει και το πρώτο τέρμα του Εθνικού). Το παιχνίδι έγινε στις 14/3/2000.